宠物托运公司需要办理的手续主要包括：
公司注册
在工商局注册公司并获得营业执照。
经营许可证
向相关部门申请经营许可证，证明公司符合宠物托运业务的相关规定。
保险资质
在保险公司申请购买运输险，保证宠物在运输过程中的安全。
宠物健康证明
由动物医院或宠物诊所出具，证明宠物身体状况良好，符合运输条件。
宠物疫苗证明
证明宠物已完成必要的疫苗接种，如狂犬疫苗等。
运输箱
购买符合航空公司规定的宠物运输箱，确保符合国际航空运输协会的规定。
航空公司申请
提前联系航空公司了解宠物托运政策和手续要求，并提交相关申请材料。
动物检疫合格证明
由当地动物卫生监督所出具，证明宠物可以安全运输。
其他相关证明和材料
根据行程可能需要的其他文件，如进出口证明、疫苗接种证明、动物检疫证明等。
请注意，具体手续可能因托运方式、地区以及航空公司要求有所不同，建议在准备托运前详细咨询相关宠物托运公司或航空公司获取最新信息
