《仙剑奇侠传三》的故事背景设定在仙剑1的50年前，主要讲述了神将军飞蓬与魔尊重楼之间的恩怨，以及飞蓬被贬下凡后转世为渝州唐门永安当铺伙计景天的故事。以下是游戏的主要剧情介绍：
飞蓬与重楼的恩怨
神将军飞蓬与魔尊重楼因两界冲突频繁交手，两人实力相当，逐渐产生了惺惺相惜之情。
重楼提议在新仙界中决斗，飞蓬最终答允。两人在决斗中势均力敌，但最终飞蓬因分心被重楼打落人间，佩剑也落入人间。
飞蓬的转世与景天
飞蓬被神界问罪贬下凡，经过多次转世，成为渝州唐门永安当铺的伙计景天。
景天渴望成为蜀山大侠，结识了唐门大小姐唐雪见、蜀山派弃徒徐长卿及其恋人紫萱，以及魔剑宿灵龙葵。
寻找灵珠与邪剑仙
景天与同伴们协助蜀山派寻找失散各地的五颗灵珠，以对抗邪剑仙的威胁。
在寻找灵珠的过程中，他们与邪剑仙不断斗争，展开了一系列冒险。
主要角色的关系与命运
景天与唐雪见在一系列事件中逐渐产生感情，但景天的寿命有限，最终两人未能修成正果。
紫萱与徐长卿经历了三生三世的纠葛，最终紫萱选择放手，让徐长卿成为蜀山掌门，自己则孤独老去。
龙葵为救哥哥龙阳，跳入铸剑炉，成为魔剑的宿灵，最终在景天的帮助下得以解脱。
最终决战
景天、徐长卿、紫萱等人与邪剑仙展开大战，景天最终牺牲自己的寿命来换取天下人的性命，雪见与景天在雪中依偎，预示着悲剧的结局。
总的来说，《仙剑奇侠传三》通过景天等人的冒险经历，展现了一个充满奇幻与冒险的世界，同时也探讨了友情、爱情与牺牲等深刻主题。
